マザーボードの交換の可否には物理的な要因を含め下記の様な要因が関係します。

• 本体ケースの規格対応(AT系規格/ATX/MicroATX/FlexATX・・など)
• 電源ユニットの対応(AT/ATX/SFX/TFXなど)
• 既存の部品の対応・相性(CPU/メモリ/HDD/ビデオカードなど)

上記が主な条件ですが、パソコンの製造メーカーによってオリジナルケースが採用されている為、すべてのパソコンでマザーボードの交換が可能とは限りません。

特にメーカー製のオリジナルデスクトップケースを流用するのは不可能な場合が多いと思われます。
自作したパソコンやショップブランドのパソコンは殆ど問題ありませんが、基本的にアップグレードの場合ノートパソコンのマザーボード交換はメーカーを問わず、不可となります（修理の場合は除く）。
（但し、筐体が同じ場合上位機種のM/Bと交換する事は一部の機種で可能です。）

アップグレード交換の基本注意点としては下記の通りです。

• OSは安定動作を望むならば、必ずクリーンインストールする。
  (クリーンインストールしない方法もありますがお勧めしません）
• 既存部品との相性問題は覚悟する。（特にメモリとビデオカード)
• 携帯端末とデータ通信希望であればBluetooth搭載モデルを推奨
  
  

修理交換の場合は同じプラットフォーム（Intel/AMD）のCPUに対応したチップセットを搭載したM/Bならば、かなり幅広いM/Bメーカーモデル同士で交換が可能ですので、心配は無いでしょう。
但し、OS修復インストールやCPUなどの変更が必要になるケースは多々あります。

メーカー独自の規格M/B（国産メーカーが多い）でもチップセットが同じならば現環境を引き継ぐことは問題なく可能です。たとえば、下位機種から上位機種のM/Bへ変更する事は、デスクトップ/ノート型ともに出来る可能性の高い改造修理です。

ブログ記事にも他メーカー同士の交換修理事例が有りますので是非お読み下さい。